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Interesante script que te ayudará si no quieres que la gente acceda directamente a tus ficheros para bajárselos. Para ello lo que hará será recoger un parámetro con el fichero que se quiere bajar, añadirle el path donde se encuentra y mediante la cabecera de la respuesta (header) devolver el fichero.

<?
$dir="/path/directorio/";
if (isset($_REQUEST["fichero"])) {
$fichero=$dir.$_REQUEST["fichero"];
header("Content-type: application/force-download");
header("Content-Transfer-Encoding: Binary");
header("Content-length: ".filesize($fichero));
header("Content-disposition: attachment; filename=\"".basename($fichero)."\"");
readfile("$fichero");
} else {
echo "Fichero seleccionado";
}
?>

Si avanzáis en el artículo, veréis un caso más práctico con la base de datos.

File Download Security

Vía / Good PHP Tutorials