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Consejos que nunca vienen mal para desarrollar un código Javascript decente:

• Que sea limpio y esté bien documentado: esto no es exclusivo de Javascript, pero parece que en este lenguaje se olvida. También es recomendable tener dos versiones del script, uno de desarrollo y otro de producción (que estará comprimido).
• Usa ficheros externos: no incluyas los scripts dentro de tu HTML, usa scripts externos. A parte de ser más eficiente en el gasto del ancho de banda es reutilizable y más legible.
• Separa la capa de presentación de la capa lógica: no añadas eventos en las etiquetas HTML, create Javascripts no intrusivos que modifiquen los elementos y añadan los eventos.
• Define el ámbito de las variables: aunque no sea necesario usar var para definir las variables, hay que hacerlo, así evitarás sorpresas de modificación de variables, sobre todo si usas recursividad.
• No pienses que por defecto se soporta Javascript: no todo el mundo dispone de javascript, por ello no es conveniente llamar a funciones javascript dentro del href de los enlaces, y es conveniente tener acción por defecto en un enlace cuando se quiere modificar su funcionalidad por javascript:

<a href="#" onclick="javascript:accionClick()">enlace</a>
<a href="enlace.html" onclick="accionClick(); return false;">enlace</a>

5 JavaScript Best Practices