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Interesantes consejos para optimizar nuestra base de datos en nuestras aplicaciones:

• Aunque parezca mentira, no siempre es necesario una base de datos relacional. Existen alternativas como memcache, base de datos documentales o de clave-valor.
• No uses la BD para almacenar contenidos: imágenes o documentos en BLOB.
• Usa campos numéricos y autoincrementales para los índices primarios, para así tener un acceso rápido al registro, ya que inserts, updates y selects dependen mucho de este índice.
• Analiza correctamente el uso de índices al igual que haces un análisis detallado de la estructura de la BD.
• Realiza queries sencillas, en las que solo debes recuperar los campos que necesites y evitar el uso de LIKE y NOT IN

Una lectura interesante y más detallada.

Database Optimize patterns